Основной целью участников кровавого заговора было снизить влияние набирающей здесь политическую высоту партии "Мусават". Ещё за полгода до геноцида во время выборов в Баксовет "Мусават" набрала втрое больше голосов, чем большевики. Это очень беспокоило последних, так как образование независимого государства и укрепление мусульманского населения, которое держали "в ежовых рукавицах" российские императоры могло разрушить все их планы. С другой стороны английские войска спешили занять свои позиции в регионе, чтобы поддержать армян и русских в противостоянии Турции (поддерживающей в Первой Мировой войне Германию), якобы вдохновителя азербайджанского "восстания". Однако военные кампании в Ираке помешали их планам. К середине марта 1918 заговорщики судорожно искали "неосторожный" случай со стороны тюркоязычного населения, чтобы начать резню. И эта причина не заставила себя долго ждать. После похорон погибшего в Ленкорани сына азербайджанского мецената Зейналабдина Тагиева Магомета, которые прошли в Баку, присутствующие на них офицеры полка, где служил покойный, должны были вернуться в Ленкорань на военном корабле "Эвелина". Армяне тут же принялись распространять слухи о том, будто азербайджанские офицеры имеют приказ об уничтожении русского населения Мугани. Это провокация коснулась не только большевиков и дашнаков, но и всех остальных политических группировок (в частности меньшевиков и эсеров, которыми руководил армянин Саакян), а также матросов Каспийского флота, состоявшего в основном из лиц русской национальности. За день до начало боёв был сформирован комитет, возглавляемый Степаном Шаумяном, ответственный за обезоруживания офицеров, находившихся на корабле. Мусульманские организации поручили комитету большевиков-азербайджанцев "Гуммет" заставить Шаумяна вернуть оружие офицерам. Однако, Шаумян в ответ объявил о безоговорочной атаке.
30 марта в 17 часов по местному времени начались бои. Дашнаки, с самого начала утверждавшие о своём нейтралитете, приняли участие в уничтожении мирного населения. В резне принимало участие даже гражданское армянское население Баку. Эсеры и кадеты, принимая сторону большевиков, мотивировали свой выбор "борьбой с мусульманским населением". Следовательно, события в Баку в марте 1918 года полностью подходит под определение геноцида. Вечером того же дня Баксовет поручил дашнакам и Армянскому Национальному Совету начинать военные действия против азербайджанцев. Матросам Каспийского флота сообщили, что якобы азербайджанцы начали военные действия против русских и уничтожают русское население Баку. В течение нескольких часов русские корабли обстреливали город с моря, пока не пришло известие, что всё обстояло с точностью до наоборот. Город чудом избежал атаки со стороны русских войск, отозванных с Мугани под тем же предлогом. Азербайджанские делегации, отравленные на переговоры к оставшимся в городе членам Бакинской Коммуны, не добились ничего, кроме убийства трёх своих представителей. 31 марта армянами было полностью уничтожено население кварталом Похлудере и Магомет-Али. Чтобы не дать пытавшимся спастись бегством убежать, большевики заняли порт и окружили Старый город со всех сторон под предлогом "уничтожения мусаватистов". Поздно вечером были разгромлены и другие мусульманские кварталы. В ночь на 1 апреля отряды армянских солдат ворвались в Старый город и разграбили его. Здешнее население убивалось с особой жестокостью.
1 апреля Ревкомитет выдвинул требования мусаватистам, в обмен на которые обязывался отдать приказ остановить резню. В 9 часов власть Бакинского Совета была признана, мусульманские отряды, не желающие подчиниться большевикам, согласно договору должны были покинуть город. Однако на этом бои не закончились. Армяне подожгли здание "Исмаилия" и сорвали золотые буквы, венчающие его крышу, а пытавшихся потушить распространяющийся на другие здания пожар расстреливали на месте. После этого оставшиеся в живых стали покидать город.
В конечном итоге за три дня в Баку было убито более 12 000 человек.
Шаумян рапортовал в Москву, описывая происходящее, как "гражданскую войну". Количество жертв при этом он уменьшил во много раз. Позже епископ армянской церкви в отчёте американскому генералу Гарборду сообщил, что количество убитых было в пределах тысячи человек и при этом заявлял, что армяне в резне участия не принимали. Погибшие в ходу геноцида азербайджанцев в Баку были похоронены на Нагорном кладбище в мусульманском квартале Чемберекенд.
На этом истребление азербайджанского населения не закончилось. До самого падения Азербайджанской Демократической Республики армянские террористические банды, возглавляемые Андраником, Амазаспом, Гайком, Дро, Нжде и другими терроризировали мирных жителей различных регионов.
В Кубе резнёй мирного азербайджанского и лезгинского населения занимались армянские военные формирования под руководством уполномоченного С. Шаумяном дашнака Амазаспа и его помощника, некоего Николая. Было уничтожено 122 села Кубинского уезда: Муршудоба (убито 26 человек), Карахлу (убито 25 человек), Новый Хачмас (убит 21 человек), Пирили (убито 19 человек), Напоз (убито 17 человек), Бабешлу (убито 12 человек), Карачаллы (убито 9 человек), Азизли (убито 6 человек), Хасфулат (убито 3 человека) и другие. Всего было убито 2 000 человек. Затем банды напали на Хачмас, Геокчай, Агдаш, Кюрдемир, Джеват, Сальяны, некоторые сёла Джеватского и даже Ленкоранского уездов. Большевики выдавали действия Амазаспа за "мирное урегулирование конфликта" между мусульманами и христианами. Сам же Амазасп говорил: "Я - армянский герой, пришёл отомстить за убитых вами и турками армян. Я вырежу весь мусульманский род от Каспийского моря до Шахдагских гор".
Через неделю после убийств жителей Баку отряды армян и русских напали на Шемаху. Им помешали турецкие части, находившиеся в уездах. После первой же битвы армяне и русские бежали в молоканские сёла уезда, и лишь после ухода турок в начале апреля 1918 года геноцид возобновился. Вооружённые армянские отряды общей численностью в 20 000 человек под руководством большевика Атарбекова, шемахинских армян корнета Степана Лалаяна (Лалаева) и Михаила Арзуманова, а также карабахского армянина Агамалова и прочих, бурей прошлись по сёлам Шемахинского, Геокчайского и Арешского уездов, убив около 8 000 человек (из них 1653 женщин и 965 детей). По сообщению члена Исполнительного Комитета священника Иоанна Богомолова в одном из сёл по приказу Лалаяна женщины были заперты в местной мечети, которую затем подожгли. Всего было сожжено 58 сёл. В сёле Кичатан местные армяне Джангир Зергерян, Мкртч Будагов, Левон Пирвердов и Нерсес Артёмоглы убили около 130 мирных жителей, из них 50 мужчин, 60 женщин и 21 ребёнка. В Кюрдемире бандитами было разрушено 56 домов, сожжены 2 мечети. Были совершены нападения на сёла Карабучаг (убито 7 человек), Халил-Касумбекли (убито 7 человек), Араб-Мехтибекли (убито 83 человека, из них 4 женщины и 1 ребёнок). Сёла Ченги и Каравели были стёрты с лица земли. Комиссаром одного из полков, бесчинствующих в Ширване, являлся будущий политический деятель, избранный в следующем году во ВЦИК, один из приближённых Сталина (избежавший позже расправы над бывшими соратниками тирана) Анастас Микоян. Даже после ухода большевиков местные армяне продолжали атаковать мусульманские сёла. Позже ими разрушено 20 сёл в пределах Шемахи. В селе Балаоглан они убили 535 человек (250 мужчин, 150 женщин, 135 детей) и ранили 69 человек. В селе Невахи было убито и ранено 1050 человек. В селе Араб-Кадым - 378 человек. Материальный убыток в последнем селе составил 6 474 000 рублей. Села Тезе Чагырлы, Курузма, Талыш и Казихи были разграблены; при этом убили 3 мужчин и 2 детей в Тезе Чагырлы и 1 мужчину в Курузме. Такая же участь постигла 5 мужчин, 1 женщину и 6 детей на окраине Аджикабула. Далее жертвами стали жители сёл Кушу (332 убитых), Абдулянск (90 убитых), Каракашлы (85 убитых), Мейниман (44 убитых), Шорбачы (30 убитых), Кёйде (26 убитых), Мири-Кенаг (19 убитых), Ших-Мазад (18 убитых), Талыш-Мелик (17 убитых), Ковлар (15 убитых), Турани-Келани (12 убитых), Рагим-агалы (11 убитых), Верхний и Нижний Чаган (4 человека), Бозавенд (3 убитых), Рагимли (3 убитых) и др.
Кровавая расправа над мусульманским населением Эривани, Геокчи, Джеваншира, Зангезура, частично Казаха и Нахичевани началась ещё в 1905 году, когда Российская империя была охвачена крупным революционным восстанием. Около 200 сёл было разгромлено в Эривани, Геокче, Казахе, около 75 - в Карабахе и Зангезуре. За четыре месяца до мартовских событий в Баку в различных областях Эриванской губернии вновь имели место погромы азербайджанских населённых пунктов. Было разграблено, сожжено и уничтожено 197 сёл, из них 84 в Эчимиадзинском уезде, 32 - в Эриванском уезде, 7 - в Ново-Баязетском уезде.
Спустя некоторое время дашнацкие террористические формирования двинулись на запад - в Карскую область, населённую преимущественно азербайджанцами. Здесь не так давно Национальный Комитет объявил об образовании независимой Карской республики. В декабре того же года турецкие войска покинули территорию республики, и государство полностью обрело независимость. Но англичане, чьи войска находились тут же, пытались искусственно расширить границы дашнацкой Армении, так как это могло помешать туркам повторно начать здесь военные действия. В марте 1919 года Карс был объявлен демократической республикой. Но уже в середине апреле англичане вошли со своими войсками в столицу и разогнали парламент. Через неделю Карская область была передана Армении. Дашнаки ввели сюда свои войска, учинив геноцид местного азербайджанского населения и уничтожив 92 мусульманских села. Одновременно армянами совершались убийства проживающих на этой территории греков. Секретарь греческого национального Совета К. Харачев в своей статье в грузинской газете "Возрождение" писал, что таким издевательствам греки не подвергались даже во времена турецкого господства. Англичане же на эти погромы никак не отреагировали. В августе 1920 года по Севрскому договору к Армении отошли турецкие земли Восточной Анатолии. Воспользовавшись этим, армяне повторно совершили убийства мирного азербайджанского и турецкого населения этого региона, имевшие здесь место полтора года назад. Но в этот раз зверства армян были настолько крупномасштабны, что Антанта не сочла нужным вступиться за них, когда турецкая армия 28 сентября нанесла ответный удар и наголову разбила дашнаков. Даже тогда армяне отказались освободить Карс и поплатились за это очередным поражением 10 ноября 1920 года. Лишь после этого армянские банды вернулись на территорию Эриванской губернии. Карская область была присоединена к Турции.